本发明公开了一种筛选益生菌的方法，包括以下步骤：（1）原代培养猪或家禽脾脏组织；（2）用大肠杆菌K88对其进行攻毒，测定白细胞介素8和白细胞介素4水平的变化；（3）用候选的益生菌菌株分别对其进行处理，测定上述2种白细胞介素水平的变化；（4）通过比较挑选出与大肠杆菌K88处理引起的2种白细胞介素变化程度相似、但效果相反的益生菌菌株；（5）通过大肠杆菌K88动物攻毒实验，观测初选出的益生菌菌株的保护效果，最终确定高效的益生菌菌株。本发明的突出优点是：采用体外免疫学实验与体内攻毒实验相结合的方法准确性高、针对性强和节省时间，所筛选的益生菌可有效替代抗生素，减少大肠杆菌引起的疾病，促进动物健康。