本发明涉及一种抗菌硅藻土基涂料及其制备方法和应用，特别涉及一种用于壁纸的抗菌涂料，属于涂料领域。本发明利用硅藻土的特殊孔隙结构负载抗菌剂，赋予硅藻土抗菌性能；再将负载抗菌剂的硅藻土、分散剂、消泡剂、保水剂、水和胶黏剂混合搅拌制备硅藻土涂料。该方法利用性能优良的抗菌剂代替当前广泛使用的纳米二氧化钛，方法实施过程中抗菌剂杀菌活性好、广谱、长效，用量小，产品价格低廉。该方法方便可行，操作简单，不需要特殊的仪器设备，更易于工业化生产。