本发明提供了一种强磁场下的高通量蛋白质结晶条件筛选装置及方法，在母液底座盘上均匀排列有若干个装载液体试剂的小池，蛋白质样品盘开有与母液底盘上的小池位置一一对应的通孔，毛细管装配在各个通孔中，装配了毛细管的蛋白质样品盘能够放置在温度控制系统中；凹槽底座和凹槽顶盖均为表面开槽的圆盘，凹槽底座和凹槽顶盖的开槽一面相对，开槽位置与蛋白质样品盘上通孔的位置对应，槽内充入真空脂。本发明提供了新的结晶环境，实现了强磁场环境下高通量蛋白质结晶条件的筛选，不需将晶体取出或者冻存，能够显著减少在磁体中结晶的蛋白质样品的用量。