本发明涉及在指纹识别系统中对指纹图像加密及识别的方法，其中加密方法之一包括：输入步骤：由供体按其选定的成像角度在所述系统的指纹采集装置上输入特征指纹图像；提取步骤：对上述生成的特征指纹图像进行计算，提取计算后的特征数据；存储步骤：将上述特征数据以数据模块的形式加以存储，从而完成指纹图像的加密。本发明通过改变指纹输入系统时的成像角度来改变现有个体指纹特征的数据信息，达成对指纹图像的加密，从而避免因个体指纹客观的开放性而造成其指纹图像被窃后所留下的不利后果。本发明在确保主动型指纹识别系统现有“拒假”误判率的前提下，消除安全隐患，以保障指纹供体或供体代表方的安全利益。